De oorzaak van de schade aan de gewelven ligt in de ondergrond waar de Bovenkerk op is gebouwd. Deze bestaat uit een laag van ca. 8 meter veen en klei. De fundering van de kerk reikt echter niet dieper dan ca. 3 meter. Door het enorme gewicht van de kerk klinken het veen en de slappe kleilagen in waardoor het gebouw verzakt. Dit proces is al gaande zolang de Bovenkerk bestaat.

Helaas verloopt het zakken niet gelijkmatig. Het middenschip zakt door het hoge gewicht op de kolommen sneller dan de zijbeuken. Daardoor zijn met name de gewelven van de eerste zijbeuken beschadigd. Maar ook de Toren van de Bovenkerk vertoont een ander zettingsgedrag en zakt in westelijke richting (van de kerk af). Hierdoor is de schade aan de gewelven rond en boven het Hinszorgel ontstaan.